Ακόμα και ο ντεκαφεϊνέ καφές έχει καφεΐνη, καθώς ποτέ δεν μπορεί να αφαιρεθεί το 100% της καφεΐνης. Αφαιρείται μόνο το 94% με 98%.
Οι κόκκοι του καφέ που στην αρχή είναι πράσινοι, λόγω του ότι δεν έχουν καβουρντιστεί, μουλιάζουν αρχικά σε πολύ καυτό νερό. Η διαδικασία αυτή, διευκολύνει την αφαίρεση της καφεΐνης. Στη συνέχεια, είτε με τη βοήθεια του διοξειδίου του άνθρακα, είτε με μια πιο άμεση μέθοδο διάλυσης, αφαιρείται η καφεΐνη. Για την εφαρμογή της πρώτης μεθόδου απαιτείται ένα δοχείο πίεσης και αρκετό διοξείδιο του άνθρακα, ενώ για τη δεύτερη χρησιμοποιούνται κάποια χημικά για να γίνει ο διαχωρισμός.
